MYCOLOGIE
Matériel de laboratoire : rôle, choix et maîtrise analytique
La mycologie est une discipline spécialisée de la biologie d’analyses médicales consacrée au diagnostic des infections fongiques (levures et moisissures). Elle repose sur l’examen direct, la culture, l’identification phénotypique et parfois moléculaire des champignons pathogènes. Le matériel utilisé en mycologie conditionne directement la qualité de l’isolement, la fiabilité de l’identification et la pertinence de la prise en charge antifongique.
En mycologie, les délais de croissance et la fragilité de certains champignons imposent une rigueur technique particulière.
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1. Poste de sécurité microbiologique (PSM)
Le PSM est indispensable pour la manipulation des prélèvements et des cultures fongiques.
Rôle :
– Protection du personnel
– Protection de l’environnement
– Limitation des contaminations croisées
Type requis :
– PSM de classe II
Fabricants couramment utilisés :
– Thermo Scientific (Herasafe)
– Esco Lifesciences
– NuAire
– Telstar
– Faster
Le nettoyage et la désinfection doivent être adaptés aux spores fongiques.
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2. Incubateurs mycologiques
Les incubateurs permettent la croissance contrôlée des champignons.
Types d’incubateurs utilisés :
– Incubateurs à 25–30 °C (champignons filamenteux)
– Incubateurs à 35–37 °C (levures pathogènes)
– Incubateurs à double température
Fabricants :
– Memmert
– Binder
– Thermo Scientific
– Panasonic Biomedical
La stabilité thermique est essentielle pour une croissance et une morphologie interprétables.
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3. Milieux de culture fongique
Les milieux de culture sont au cœur du diagnostic mycologique.
Types de milieux utilisés :
– Milieux non sélectifs (Sabouraud)
– Milieux sélectifs avec antibiotiques
– Milieux chromogènes pour levures
– Milieux spécifiques pour dermatophytes
Fabricants courants :
– bioMérieux
– Oxoid (Thermo Scientific)
– BD Diagnostics
– Liofilchem
– Condalab
Le respect des conditions de stockage et de péremption est essentiel pour la viabilité fongique.
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4. Matériel d’examen direct
L’examen direct permet une orientation diagnostique rapide.
Équipements nécessaires :
– Microscopes optiques à fort grossissement (Olympus, Leica, Zeiss)
– Lames et lamelles
– Systèmes de préparation (KOH, calcofluor white)
L’examen direct est un temps clé pour la détection rapide des éléments fongiques.
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5. Matériel d’identification fongique
L’identification repose sur des méthodes morphologiques, biochimiques et instrumentales.
Méthodes utilisées :
– Observation macroscopique et microscopique
– Tests biochimiques
– Spectrométrie de masse (MALDI-TOF)
Systèmes d’identification :
– bioMérieux VITEK 2 YST
– MALDI-TOF (Bruker Biotyper, bioMérieux VITEK MS)
Ces systèmes permettent une identification rapide et fiable des levures et moisissures.
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6. Matériel pour antifongigramme
L’étude de la sensibilité aux antifongiques est essentielle dans certaines situations cliniques.
Méthodes utilisées :
– Méthodes de diffusion
– Méthodes de microdilution
– Systèmes automatisés
Équipements et fournisseurs :
– bioMérieux
– Thermo Scientific
– Liofilchem
– Systèmes automatisés intégrés (VITEK 2)
La standardisation des conditions est indispensable pour l’interprétation.
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7. Matériel de préparation et de manipulation
La manipulation des cultures fongiques nécessite un matériel dédié.
Équipements indispensables :
– Pipettes automatiques calibrées (Eppendorf, Gilson, Sartorius)
– Pointes filtrées
– Vortex
– Centrifugeuses (Eppendorf, Hettich)
Une manipulation inadéquate augmente le risque de contamination et d’erreur diagnostique.
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8. Matériel de contrôle qualité en mycologie
Le contrôle qualité garantit la fiabilité des résultats mycologiques.
Éléments utilisés :
– Souches de référence (ATCC)
– Milieux de contrôle
– Programmes d’évaluation externe de la qualité
Fournisseurs :
– ATCC
– bioMérieux
– Oxoid
– BD
Le contrôle qualité doit être documenté et régulièrement évalué.
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9. Stockage et conservation
La conservation des milieux, réactifs et souches est essentielle.
Équipements nécessaires :
– Réfrigérateurs de laboratoire
– Congélateurs pour souches de référence
– Systèmes de surveillance de température
Fabricants :
– Liebherr
– Haier Biomedical
– Thermo Scientific
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10. Qualification, maintenance et biosécurité
Les équipements de mycologie doivent faire l’objet :
– D’une qualification à l’installation
– D’une maintenance régulière
– D’un suivi des performances
– D’un respect strict des règles de biosécurité
La manipulation des champignons pathogènes engage la responsabilité du biologiste médical.
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Conclusion
En mycologie, le matériel de laboratoire conditionne la qualité de l’isolement, la fiabilité de l’identification et la pertinence de l’orientation thérapeutique.
Une maîtrise rigoureuse des équipements, associée à des procédures adaptées, est indispensable pour garantir un diagnostic mycologique fiable.